Au concile⁽⁷⁾ de Nicée en 325, fut élaboré par 318 pères de l'Eglise, le Credo, profession de foi universelle, dans laquelle apparaît la vérité concernant Jésus étant à la fois Dieu et homme. Le Credo est confessé depuis jusqu'à nos jours par les deux Eglises (d'Orient et d'Occident).

Nestorius (patriarche de Constantinople en 428) enseignait publiquement la distinction de Jésus-Christ en deux natures (la nature divine et la nature humaine) et s'opposait au titre donné à la Vierge Marie "Théotokos" (mère de Dieu). Saint Cyrille d'Alexandrie s'opposa et soutint que le nom de "mère de Dieu" était justifié car le Christ est un seul être et non pas deux. Nestorius, refusant de se soumettre, fut condamné et déposé par le concile d'Ephèse en 431. Exilé, il mourut dans les déserts de la Libye vers 450.

A la mort de Saint Cyrille en 444, de nouvelles hostilités se déclenchèrent. Cette fois, ce sont les disciples de Saint Cyrille qui seront condamnés pour avoir nié la nature humaine du Christ. L'auteur de cette thèse fut Eutychès (grec hérésiarque, vers 378-454). Il a été soutenu par le Patriarche d'Alexandrie, Dioscore et par Jacques Bardès (d'où le nom de "Jacobites"). Le Concile de Chalcédoine (451) condamna le monophysisme (une personne avec une seule nature) et proclama la divinité et l'humanité du Christ unies et distinctes dans une même personne.

Ainsi, en Orient, deux Eglises vont s'affronter continuellement. A l'Est de l'Euphrate, l'Eglise "nestorienne" sous la domination de l'Empire perse et l'Eglise "monophysite" à l'ouest de l'Euphrate et en Egypte, sous la domination de l'Empire d'occident en grande partie. Les monophysites ont appelé les adeptes de Nestorius "Nestoriens" malgré leur refus et les Nestoriens ont appelé les monophysites "Jacobites". Ces derniers ont conservé ce nom jusqu'à nos jours.

Le Concile de Constantinople (1054) vit la naissance d'une troisième Eglise en Orient avec le Schisme de Michel Cérulaire (Patriarche de Constantinople de 1043 à 1058). Celui-ci affirmait que le Saint Esprit précède du Père et non pas du Fils. L'Eglise Orthodoxe est le fruit du schisme entre les Eglises byzantine et romaine.

Ces divisions accentuèrent la naissance des sectes et affaiblirent l'Eglise d'Orient sur la scène politique, notamment par les querelles nées par le choix du Patriarche où le pouvoir se manifestait. La rivalité des deux empires épuisa les peuples qui n'ont connu ni la paix entre eux, ni la tranquillité, ni la prospérité.

Dans une atmosphère de désespoir, apparut Mahomet, un homme politico-religieux, se réclamant de Dieu, dont la première femme, Khadja était chrétienne d'origine juive. Au début, il favorisait les chrétiens et les juifs en combattant les opposants au Dieu unique. En effet, il reconnaissait le Dieu unique et admettait les Ecritures Saintes (l'Ancien et le Nouveau Testament). Les chrétiens ont reçu favorablement les conquêtes de l'Islam (paru en 632) car ils espéraient y trouver leur liberté vis-à-vis des Mazdéens et leur indépendance à l'égard de Byzance, où les deux empires étaient en situation de guerres permanentes.

Il est certain que l'ère des Abbassides (règne à Bagdad de 762 à 1258) fut pour l'Eglise d'Orient une période heureuse et de prospérité. Timothée 1 dit le Grand (780-828, patriarche de Séleucie-stéciphone) transféra son siège officiel à Bagdad car un lien d'amitié unissait le Patriarche au Calife. Cette amitié et ce transfert étaient bénéfiques pour les Abbassides car l'Eglise avait de nombreux savants dans tous les domaines. Ces derniers traduisaient du grec à l'araméen puis en arabe, les oeuvres maîtresses de la sagesse grecque. Leurs connaissances scientifiques en astronomie et en médecine séduisirent les Califes. Ils firent connaître aux arabes et aux persans la philosophie de Platon, d’Aristote, des Alexandrins, la géométrie d'Euclide et la géographie de Ptolémée. Bien que cette période fut glorieuse pour l'Eglise d'Orient (Nestorienne et Jacobite), les chrétiens sont considérés comme des "Dhimmy", c'est-à-dire des citoyens qui payaient un impôt spécial à l'état islamique et ne pouvaient jouir des mêmes droits que les musulmans. Un chrétien ne pouvait être exempté de cet impôt annuel qu'en embrasant l’islam.

A l'époque des croisades,⁽⁸⁾ les Assyro-Chaldéens ont combattu aux côtés des croisés sous les murs d'Antioche. La première croisade fut décidée par le Pape Urbain II (Pape de 1088 à 1099), suite à l'invasion d'Antioche, de Nicée et de Jérusalem par la coalition turco-perso-arabo-agaréenne.

Il est vrai que les chrétiens étaient sous la domination des Califes ou des Turcs mais ne montrant pas de résistance et ne s'opposant pas, ils étaient plutôt privilégiés (ils n'étaient pas massacrés, ni torturés). Alors, l'expansion de l'Eglise nestorienne s'accentuait avec le temps. Lorsque Bagdad tomba dans les mains des Mongols (Empire fondé par Gengis Khan (1206-1227), disparu en 1806)) en 1258, les chrétiens eurent peur. Mais, les nouveaux conquérants se montrèrent plus favorable et encouragèrent l'évangélisation dans leur Empire.

Marco Polo (1254-1324, voyageur vénitien, qui resta à partir de 1280, sept ans au service du grand Khan Koubilaï), est l'un des témoins oculaire de l'implantation de la foi et de la grandeur de cette Eglise. Dans son livre "Livres des merveilles", il témoigne de l'organisation, mais aussi des persécutions subies par cette Eglise. Il raconte notamment le miracle de la jonction de deux montagnes par la prière des chrétiens, accomplissant ainsi des paroles d'Evangile⁽⁹⁾.

Les experts estiment le nombre de fidèles au XIIIème siècle entre 60 et 80 millions avec 240 à 250 diocèses s'étendant en Orient aux rivages de la Méditerranée (Damas), au Nord jusqu'à la Tartarie (URSS), au Sud jusqu'au Malabar (Inde) et à l'Est jusqu'au cœur même de l'Empire Chinois, à Pékin. Autant cette Eglise connut la gloire et l'expansion jusqu'à la fin du XIIIème siècle, autant, depuis, elle est persécutée et ses fidèles firent l'objet de maints massacres, tant par les Mongols que par l'Empire ottoman.

L'empire ottoman fut fondé par Osman 1er en 1304, issu d'une Tribu turque, du nom d’Osmanli. Dès lors que les Turcs se sont convertis à l'Islam au XIVème siècle, la période noire était entamée dans l'empire et les hostilités à l'égard des chrétiens faisaient jour.

Le changement de dynastie de l'Empire mongol en 1363 mit fin à tout espoir d'expansion, arrêtée depuis le début du siècle par la mort du Patriarche Yab-Alaha en 1317. Timur Lang, dit Tamerlan (1336-1405, fondateur du second Empire mongol) proclama la persécution générale des chrétiens dans tout son Empire lorsqu'il embrassa l'Islam. Ainsi, les destructions et les massacres furent chose courante jusqu'à la fin de l'empire au XIX^ème siècle.

L'évêque chaldéen catholique de Van, lors de la première Guerre Mondiale, était Monseigneur Manna. Voici ce qu'il dit à propos des Mongols : "sous leurs règnes, des centaines de couvents ont été détruits, les écoles et les universités ont disparu, les Eglises renversées, de nombreux et florissants diocèses ont été complètement anéantis. Chose terrible ! De tous les millions de fidèles qui habitaient la Chaldée, le sud de la Perse, l'Arabie, les îles de la mer d'Oman et de l'océan Indien... il ne reste aucun chaldéen chrétien."

Après les persécutions de Tamerlan (1388), des Assyro-Chaldéens se réfugièrent et s'installèrent dans les régions montagneuses de l’actuel Kurdistan central et dans les hautes vallées du Grand Zab (affluent du Tigre dans le Kurdistan), le Hakkâri. Ces montagnes, d'accès difficile, leur procurèrent un abri relativement sûr mais leur situation était en fait plus que précaire.

Après les conquêtes de Soliman II, dit le Magnifique, (sultan turc, 1494-1566, allié de François 1er contre Charles Quint), le peuple Assyro-Chaldéen quitte les montagnes pour s'installer sur les plateaux d'Ourmia et de Salamas, dans la région de Mossoul et dans celle d'Hakkâri.

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⁽⁷⁾ Concile: assemblée d'évêques et de religieux, qui en accord avec le Pape, décide de questions de doctrine et de discipline ecclésiastiquc. Les conciles oecuméniques sont au nombre de 21 dans l'histoire catholique. Dont le premier est Nicée (325) et le dernier vatican II (1962-1965).
⁽⁸⁾ Au total, il y a eu 8 Croisades entre 1096 à 1270.
⁽⁹⁾ Jonction de deux montagnes: Mathieu XVIII, 19-20.