L'Eglise Assyrienne non unie à Rome, appelée également "Nestorienne" actuelle, remonte à la lignée des Patriarches de Qotshanès fondée par Chimoun XIII Denkha, le huitième patriarche chaldéen qui en 1674 retourna au nestorianisme. La résidence patriarcale fut Qotshanès jusqu'à la première guerre mondiale. Cette guerre fut terrible pour cette Eglise, non seulement par le génocide mais elle le fut également la cause de la diaspora. A la suite de cette persécution, Mar Chimoun XIX Benyamin se réfugia à Salamas, au nord de l'Iran, où il fut assassiné par traîtrise par le chef kurde Simko en 1918. Son frère, Mar Chimoun XX Paulos, prit la charge de son Eglise mais il mourut en 1920 à Baqouba (Irak) où il s'était installé à la mort de son frère.

De retour d'Angleterre, son neveu, Mar Chimoun XXI Ishaï, s'installa à Mossoul de 1927 à 1933. Par décret gouvernemental, le Patriarche fut exilé à Chypre, qu'il quitta pour rejoindre l'Angleterre et s'installa définitivement en 1940 à San Francisco (U.S.A.). Leur nombre est difficile à évaluer à cause de leur dispersion. Ils seraient quatre cent mille fidèles dispersés en Russie , Turquie, Iran, Irak, Syrie, Europe, Etats-Unis et Australie.

Cette Eglise se divisa en 1964 à la suite du schisme du Métropolite de l'Inde.

Thomas Darmo qui voulait respecter la tradition patristique, rejeta la réforme allant vers un rapprochement avec l'Eglise Chaldéenne, décidée par Mar Chimoun XXI. Alors, il a ordonné des prêtres et sacré des évêques. En 1969, ces derniers l'ont élu Patriarche de "l'Ancienne Eglise Catholique et Apostolique." Actuellement, cette Eglise est dirigée par le Patriarche Mar Addaï II (successeur de Mar Thomas Danno, mort en 1972), assisté par quatre évêques. Son siège est à Bagdad et ses fidèles représentent qu'environ 10 % de l'ensemble des Nestoriens.

L'autre Eglise est appelée : "l'Eglise d'Orient Assyrienne". Elle est dirigée par le Patriarche Mar Denkha IV, élu en 1976. Celui-ci n'est pas de la lignée héréditaire de Mar Chimoun XXI, qui fut assassiné par un jeune assyrien le 6 novembre 1975 à San Francisco.